在选择北京大学医学院（北大医学部）和复旦大学上海医学院的临床医学专业时，考虑以下几点：

专业排名与实力：北京大学医学部在临床医学领域排名非常靠前，与复旦大学上海医学院均属于国内顶尖。北京大学医学部通常在全国排名中位列前茅，但复旦的临床医学实力也非常强劲，尤其在附属医院资源和科研产出方面有显著表现。
教育模式与目标：如果你考虑八年制项目，需注意不同学校的特点。有些回答指出，上海交通大学医学院（上交医学院）在临床医学八年制项目上可能提供更多的科研优势和舒适的生活环境。而北大医学部在临床培养上有良好口碑，但科研环境可能与南方一些顶级医学院有差异。
地理位置与就业：选择时也应考虑个人对城市生活的偏好，以及未来就业的地域倾向。北京和上海都是医疗资源集中地，但具体到个人发展，可能会因城市文化、就业机会和生活成本等因素有所不同。
个人志向与适应性：考虑自己是否适合该学校的学习环境和文化，以及是否对医学有持久的热情。进入顶尖医学院竞争激烈，且医学道路漫长，热爱和毅力至关重要。
综上所述，两者都是优秀的选择，最终决定应基于个人职业规划、学习偏好、生活适应性以及对未来的期望。