平行志愿投档录取模式在一定程度上降低了考生填报志愿的风险，但并不是说平行志愿这种模式没有风险。主要有两方面：
一是因院校志愿填报不合理无法被投档的风险。虽然平行志愿本科批次为考生提供10所院校志愿，但是，如果考生定位不准确，志愿填报过高，没有考虑院校之间的层次高低，导致自身考试成绩没有达到自己填报的所有平行志愿院校的投档线，该考生就不可能被投档，造成投档失败。
二是因专业填报不合理，投档后被退档的风险。全国联招本科批次志愿组的所有院校志愿中，均设有6个专业志愿和一个专业是否服从选项。考生档案被投到所填报的院校后，如果所填报的专业志愿按院校录取规则都不能满足，而考生又不填报服从专业调剂，院校无法进行专业调剂，则该生就可能被退档。从平行志愿多年的实施情况看，因专业不服从而退档在整个退档考生中所占的比例是较大的。
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