一是不作大进大出的调整。首轮“双一流”建设整体布局已形成服务国家重大战略的一流大学和一流学科建设基本体系，保持建设范围的总体稳定，有利于建设高校和建设学科保持定力、持续投入、汇聚力量、沉淀成果，持续发挥支撑一流大学体系建设、引领高等教育内涵式发展的重要作用。
二是需求引导下的布局调整。“双一流”建设在国家重点急需的领域和方向上，在服务国家科技自强方面仍有补强空间。第二轮建设以党中央、国务院确定的“十四五”期间国家战略急需领域作为指引调整建设学科的指南，对拟建设学科的匹配度、水平和发展质量等进行综合考查，尤其是加强了对基础学科、理工农医和哲学社会科学学科的布局。
三是鼓励建设高校主动对接需求、优化学科建设口径。允许个别建设学科所属建设高校根据自身特色优势、目标定位，以及服务国家、行业和地方发展需求情况提出相关学科调整申请，经专家委员会审议咨询、三部委报国务院批准后即可作出调整。调整后，原学科不再列入建设名单。
和首轮“双一流”建设不同的是，这次的建设名单不区分一流大学建设高校和一流学科建设高校。
建设中国特色世界一流大学，是所有中国高校的自觉追求和行动目标，所有中国高校都应有世界一流的视野和格局。“双一流”重点在“建设”，要以学科为基础，而不是人为划定身份、层次，派发“帽子”，更不是在中国高校中划分“三六九等”。
从首轮建设情况来看，一些建设高校对“双一流”建设坚持特色发展、差异化发展的理解还不到位，仍把一流大学建设高校和一流学科建设高校作为身份和层次追求，存在扩张规模、追逐升级的冲动。新阶段“双一流”建设应当坚持以学科为基础，淡化身份色彩，探索自主特色发展新模式，引导高校在各具特色的优势领域和方向上创建一流。第二轮建设名单不再区分一流大学建设高校和一流学科建设高校，将探索建立分类发展、分类支持、分类评价建设体系作为重点之一，引导建设高校切实把精力和重心聚焦在有关领域、方向的创新与实质性突破上，创造真正意义上的世界一流。
